SB3.ConceptsFabrication History

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October 15, 2007, at 11:57 PM by SB -
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Deleted lines 53-59:

La définition de la cellule , ou encore, sans même parler de compartimentalisation induite par une membrane,du système vivant, la plus simple, n'est pas évidente.

Recheerche du point de départ

Added line 56:

L'état actuel du plan de travail de C. Venter. On peut s'attendre d'ici un an à ce que l'objectif du dernier item soit réalisé et... amplement médiatisé!

October 15, 2007, at 11:53 PM by SB -
October 15, 2007, at 11:53 PM by SB -
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Changed lines 48-51 from:

Le travail est encore en cours pour la synthèse artificielle du chromosome. Comme cas d'étude ils ont choisi de minimiser et optimiser celui Mycoplasma genitalium (580kb, 485 gènes) déjà un des plus petits connus. Le travil présenté ici couvre le processus de transplantation qui ouvre la voie pour l’installation dans une cellule hote d’un génome artificiel quand il sera pret. >>>>>>>

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October 15, 2007, at 11:52 PM by SB -
October 15, 2007, at 11:52 PM by SB -
October 15, 2007, at 11:52 PM by SB -
October 15, 2007, at 11:52 PM by SB -
Changed lines 15-16 from:

Présentation fascinante sur une tentative de réaliser des cellules sémi-synthétique capables de se reproduire et de s'auto-entretenir. L'idée est de renfermer dans une membrane lipidique fermée (une vésicule) l'ADN, les protéines et les métabolites nécessaires pour permettre à cette "cellule" de crôitre et se diviser. Il s'agit donc de déterminer quel est l'ensemble des gènes qui permettent d'assurer la croissance de la membrane et la division de la vésicule (donc toutes les enzymes des voies chimiques de synthèse des lipides qui rentreront dans la composition de la membrane), et de l'ensemble des gènes nécessaires au fonctionnement de la machinerie moléculaire pour la transcription et la synthèse des protéines.

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Présentation fascinante sur une tentative de réaliser des cellules sémi-synthétique capables de se reproduire et de s'auto-entretenir. L'idée est de renfermer dans une membrane lipidique fermée (une vésicule) l'ADN, les protéines et les métabolites nécessaires pour permettre à cette "cellule" de crôitre et se diviser. Il s'agit donc de déterminer quel est l'ensemble des gènes qui permettent d'assurer la croissance de la membrane et la division de la vésicule (donc toutes les enzymes des voies chimiques de synthèse des lipides qui rentreront dans la composition de la membrane), et de l'ensemble des gènes nécessaires au fonctionnement de la machinerie moléculaire pour la transcription et la synthèse des protéines. Ces recherches abordent expérimentalement des questions d'intérêtfondamental très large: quel est l'ensemble vivant le plus simple, quelle est la définition d'une forme vie, quels sont les éléments essentiels pourla biologie moléculaire,etc...

Added line 44:

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Added lines 47-51:

Alors que l'approche du groupe de Rome ci-dessus peut être qualifiée de bottom-up, on assemble un par un les éléments qui renderaient un système capable de s'entretenir et de se reproduire, l'approche de C. Venter et H. Smith est top-down, on part d'un système existant qui fonctionne, le plus petit possible, et on le réduit pour ne retenir que l'essentiel. Le travail est encore en cours pour la synthèse artificielle du chromosome. Comme cas d'étude ils ont choisi de minimiser et optimiser celui Mycoplasma genitalium (580kb, 485 gènes) déjà un des plus petits connus. Le travil présenté ici couvre le processus de transplantation qui ouvre la voie pour l’installation dans une cellule hote d’un génome artificiel quand il sera pret. >>>>>>>

Added line 53:

Schéma du plan de travail: sur la gauche, la synthèse d'un chromosome artificiel; sur la droite le processus de transplantation.

Added line 55:

Présentation des motivations scientifiques fondamentales de la réalisation d'une cellule minimale. Ces motivations rejoignent l'approche de G. Murtas présentée précédemment.

Added line 57:

La définition de la cellule , ou encore, sans même parler de compartimentalisation induite par une membrane,du système vivant, la plus simple, n'est pas évidente.

Added line 59:

Recheerche du point de départ

October 15, 2007, at 11:40 PM by SB -
October 15, 2007, at 11:40 PM by SB -
Changed lines 37-43 from:

Hamilton O. Smith, The J. Craig Venter Inst.

  • Transplantation réussie du génome d’une bactérie par celui d’une bactérie d’une autre espèce utilisant de l’ADN nue comme donneur. Annonce mondiale
  • But: synthèse ex silico du génome de Mycoplasma genitalium (580kb, 485 gènes) minimisé via synthèse d’oligonucléotides et recombinaison.
  • Le processus de transplantation ouvre la voie pour l’installation dans une cellule hote d’un génome artificiel quand il sera pret.
to:

Hamilton O. Smith, The J. Craig Venter Inst.

Une des présentations vedettes de la conférence, par un prix Nobel de Physiologie et Médecine qui travaille avec Craig Venter. Les travaux présentés ici ont fait l'objet d'une large publicité via le service de presse de C. Venter et la presse générale en a fait largement l'écho. Il s'agit de la transplantation réussie du génome d’une bactérie par celui d’une bactérie d’une autre espèce utilisant de l’ADN nu comme donneur. Ce résultat s'insère dans un plan de travail plus large:

  • la synthèse ex silico, c'est-à-dire à partir de données informatique, d'un chromosome entier, designé à façon sur ordinateur et synthétisé directement à partir de la chimie.
  • la transplantation de ce chromosome dans une plateforme permettant de l'exécuter, c'est-à-dire le rendre opérant.

Le travail est encore en cours pour la synthèse artificielle du chromosome. Comme cas d'étude ils ont choisi de minimiser et optimiser celui Mycoplasma genitalium (580kb, 485 gènes) déjà un des plus petits connus. Le travil présenté ici couvre le processus de transplantation qui ouvre la voie pour l’installation dans une cellule hote d’un génome artificiel quand il sera pret.

October 15, 2007, at 11:28 PM by SB -
Changed line 44 from:
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October 15, 2007, at 11:20 PM by SB -
Changed line 6 from:
  • The Quest for a Minimal Cell: a Synthetic Genomics Approach, Hamilton- Smith, The J Craig Venter Institute
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Added lines 35-52:

The Quest for a Minimal Cell: a Synthetic Genomics Approach

Hamilton O. Smith, The J. Craig Venter Inst.

  • Transplantation réussie du génome d’une bactérie par celui d’une bactérie d’une autre espèce utilisant de l’ADN nue comme donneur. Annonce mondiale
  • But: synthèse ex silico du génome de Mycoplasma genitalium (580kb, 485 gènes) minimisé via synthèse d’oligonucléotides et recombinaison.
  • Le processus de transplantation ouvre la voie pour l’installation dans une cellule hote d’un génome artificiel quand il sera pret.

Attach:smith1jpg

October 15, 2007, at 11:15 PM by SB -
Added lines 27-28:

Une vésicule formées d'acides gras (lipides) est l'enveloppe la plus simple pour créer un compartiment qui enmagasinera le nécessaire pour sa reproduction.

Added line 30:

La vésicule devra contenir tout le nécessaire pour assurer le fonctionnement de la machinerie de la biologie moléculaire qui permettra aux voies de synthèse enzymatiques de lipides de fonctionner et de faire croitre la membrane.

Changed lines 32-33 from:
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Dans ce schéma minimal la division "cellulaire" sera probablement physique par la rupture d'une vésicule trop grande. Sans mécanisme particulier pour répartir également les composés, les cellules descendantes qui n'enmagasineront pas la bonne composition moléculaires vontcesser de se reproduire.

October 15, 2007, at 11:07 PM by SB -
Changed line 5 from:
  • The Semi-Synthetic 'Minimal Cell' : a Model for Early Living Cells, Giovanni Murtas, University of Roma 3
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Changed lines 9-30 from:
  • Microfluidic Gene Synthesis, David S Kong, MIT
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  • Microfluidic Gene Synthesis, David S Kong, MIT

The semi-Synthetic ‘Minimal Cell’: a model for Early Living Cells

Giovanni Murtas, Université de Rome 3

Présentation fascinante sur une tentative de réaliser des cellules sémi-synthétique capables de se reproduire et de s'auto-entretenir. L'idée est de renfermer dans une membrane lipidique fermée (une vésicule) l'ADN, les protéines et les métabolites nécessaires pour permettre à cette "cellule" de crôitre et se diviser. Il s'agit donc de déterminer quel est l'ensemble des gènes qui permettent d'assurer la croissance de la membrane et la division de la vésicule (donc toutes les enzymes des voies chimiques de synthèse des lipides qui rentreront dans la composition de la membrane), et de l'ensemble des gènes nécessaires au fonctionnement de la machinerie moléculaire pour la transcription et la synthèse des protéines.

  • Construct a minimal cell alive, i.e. capable of reproduction, maintenance and evolution
  • With a number of genes around 100-150 (endosymbiotic Carsonella~180 genes)
  • Semi-synthetic cell: lipid vesicle encapsulating a minimal set of enzymes, ribosomes and metabolites and DNA.
  • Reproduction: Fatty Acid Synthease gene induces fatty acid production, vesicle growth and division.
  • Semi-synthetic cell: lipid vesicle encapsulating a minimal set of enzymes, ribosomes and metabolites and DNA.
  • Reproduction: Fatty Acid Synthease gene induces fatty acid production, vesicle growth and division.
  • Core-reproduction 7-8 genes DNA replication, 16 genes t-RNA synthesis, 54 genes ribosome synthesis
  • Minimal genome: 90-100 genes ?
October 15, 2007, at 10:53 PM by SB -
Added lines 1-9:

(:title Concepts for fabrication:)

Alors que la précédente rubrique (Concepts for Design) traitait de principes logiques pour des dispositifs fonctionnels, ce groupe rassemble des présentations portant d'avantage sur des méthodes pour la réalisation d'organismes artificiels. En fait dans cette session on retrouve essentiellement le thème de la cellule minimale, plateforme, banc de montage optimal pour accueillir et faire fonctionner des dispositifs.

  • The Semi-Synthetic 'Minimal Cell' : a Model for Early Living Cells, Giovanni Murtas, University of Roma 3
  • The Quest for a Minimal Cell: a Synthetic Genomics Approach, Hamilton- Smith, The J Craig Venter Institute
  • Reconstructing the genome from hundred pieces: Deinococcus radiodurans, Miroslav Radman
  • Microbial Genome Reconstruction by Iterative Clone Recombination, Rene Warren, BC Cancer Agency
  • Microfluidic Gene Synthesis, David S Kong, MIT


Page last modified on October 15, 2007, at 11:57 PM