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October 10, 2007, at 12:43 AM by admin -
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October 03, 2007, at 11:22 AM by SB -
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Synthetic biology projects in vitro

Anthony C. Forster and George M. Church; University Medical Center, Nashville, Tennessee 37232; Harvard Medical School, Boston, Massachusetts

Genome Research, December 6, 2006

Les auteurs présentent ici les différentes approchent pour construire des systèmes de réactions biochimiques complexes non naturelles basées sur la machinerie de la biologie moléculaire, mais mise en oeuvre en dehors de cellules vivantes, in vitro dans des récipients pour réactions chimiques. Ces orientations permettraient de retenir les avantages de la biologie synthétique par exemple pour la réalisation de voies de synthèses chimiques compliquées, sans mettre en oeuvre des organismes capables de s'auto-reproduire.

Advances in the in vitro synthesis and evolution of DNA, RNA, and polypeptides are accelerating the construction of biopolymers, pathways, and organisms with novel functions. Known functions are being integrated and debugged with the aim of synthesizing life-like systems. The goals are knowledge, tools, smart materials, and therapies.

Lien vers l'article complet dans genome Research

October 03, 2007, at 11:14 AM by SB -
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Synthetic biology.

Benner SA, Sismour AM.; Department of Chemistry, University of Florida

Nat Rev Genet. 2005 Jul;6(7):533-43.

Une des revues du sujet la plus profonde et réfléchie. Les auteurs mettent dans une perspective historique le domaine maintenant connu sous le terme de "biologie synthétique" et montrent comment il est plus ancien et bien plus large que les orientations sur le devant de la scène depuis environ l'an 2000. Référence indispensable pour un regard non naïif sur le sujet.

Synthetic biologists come in two broad classes. One uses unnatural molecules to reproduce emergent behaviours from natural biology, with the goal of creating artificial life. The other seeks interchangeable parts from natural biology to assemble into systems that function unnaturally. Either way, a synthetic goal forces scientists to cross uncharted ground to encounter and solve problems that are not easily encountered through analysis. This drives the emergence of new paradigms in ways that analysis cannot easily do. Synthetic biology has generated diagnostic tools that improve the care of patients with infectious diseases, as well as devices that oscillate, creep and play tic-tac-toe.

Lien vers l'article complet dans Nature Revue Genetics

October 03, 2007, at 11:07 AM by SB -
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Author Keywords : whole-cell biocomputing ; molecular-scale machines ; biosensors ; silicon semiconductor technology ; bioluminescence

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Lien vers l'Article complet dan Trends in Biotechnology

October 03, 2007, at 11:06 AM by SB -
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Whole-cell biocomputing

Simpson ML, Sayler GS , Fleming JT , Applegate B

Trends Biotechnol. 2001 Aug;

Une présentation plutôt intéressante quoique maintenant déjà ancienne, notamment en raison de la discussion sur les capacités calculatoires d'un système biologique par rapport à des microprocesseur et de l'intérêt de l'intégration dans une cellule des capacités de traitement d'information directement dans les modules opérationnels (bio-senseurs, bio-actuateurs).

The ability to manipulate systems on the molecular scale naturally leads to speculation about the rational design of molecular-scale machines. Cells might be the ultimate molecular-scale machines and our ability to engineer them is relatively advanced when compared with our ability to control the synthesis and direct the assembly of man-made materials. Indeed, engineered whole cells deployed in biosensors can be considered one of the practical successes of molecular-scale devices. However, these devices explore only a small portion of cellular functionality. Individual cells or self-organized groups of cells perform extremely complex functions that include sensing, communication, navigation, cooperation and even fabrication of synthetic nanoscopic materials. In natural systems, these capabilities are controlled by complex genetic regulatory circuits, which are only partially understood and not readily accessible for use in engineered systems. Here, we focus on efforts to mimic the functionality of man-made information-processing systems within whole cells.

Author Keywords : whole-cell biocomputing ; molecular-scale machines ; biosensors ; silicon semiconductor technology ; bioluminescence

October 03, 2007, at 10:58 AM by SB -
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The engineer's approach to biology

par Holger Breithaupt EMBO reports 7, 1, 21–23 (2006)

Une bonne introduction aux objectifs et différentes ortientations de la biologie synthétique. Intéressant l'accent mis sur l'approche de Ehud Shapiro qui a construit un système entièrement synthétique de calcul exploitant les propriétés d'hybridation des molécules d'ADN.

In 1998, computer scientist Ehud Shapiro returned to the Weizmann Institute in Rehovot, Israel, as a group leader after a five-year break as a software entrepreneur. At the peak of the Internet boom, it would have been easy to find an exciting topic to pursue in computer science. Instead, Shapiro became interested in the origin of life and began to train himself in molecular biology, which eventually sparked his idea to build computers from biological molecules. His team first constructed a molecular Turing machine based on DNA, restriction nuclease and ligase to perform simple computations (Benenson et al, 2001), soon followed by a more sophisticated system that performs stochastic computations using mRNA molecules as input (Benenson et al, 2004).

Lien vers l'article complet dans EMBO Reports

October 03, 2007, at 10:53 AM by SB -
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Articles dans la presse grand public

Un pas vers la «vie synthétique»

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Articles dans la presse grand public

Un pas vers la «vie synthétique»

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Introduction générales à la biologie synthétique, vulgarisation scientifique

Biologie de synthèse : enjeux et défis pour l’humanité

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Introduction générales à la biologie synthétique, vulgarisation scientifique

Biologie de synthèse : enjeux et défis pour l’humanité

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Synthetic Biology Facts Sheet

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Synthetic Biology Facts Sheet

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Adventures in Synthetic Biology

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Adventures in Synthetic Biology

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Just What Is Synthetic Biology?

par Jack Lucentin

The term "synthetic biology" appears in the title of a 1913 Nature article but then disappears until the 1980s, at which point its use seems interchangeable with recombinant DNA technology. Today, the term is used to describe the wholesale engineering of genetic circuits, entire genomes, and even organisms and has appeared in nearly 50 papers since 2000. nevertheless, the definition remains elusive. Here's what some of the field's practitioners said when asked, "What is synthetic biology?"

  • Lien vers l'article complet dans dans The Scientist Volume 20
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Essais sur la biologie synthétique, niveau recherche

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Essais sur la biologie synthétique, niveau recherche

Synthetic biology: new engineering rules for an emerging discipline.

Par Andrianantoandro E, Basu S, Karig DK, Weiss R.; Department of Electrical Engineering, Princeton University, Princeton, NJ 08544, USA.

Mol Syst Biol. 2006;2:2006.0028.

Synthetic biologists engineer complex artificial biological systems to investigate natural biological phenomena and for a variety of applications. We outline the basic features of synthetic biology as a new engineering discipline, covering examples from the latest literature and reflecting on the features that make it unique among all other existing engineering fields. We discuss methods for designing and constructing engineered cells with novel functions in a framework of an abstract hierarchy of biological devices, modules, cells, and multicellular systems. The classical engineering strategies of standardization, decoupling, and abstraction will have to be extended to take into account the inherent characteristics of biological devices and modules. To achieve predictability and reliability, strategies for engineering biology must include the notion of cellular context in the functional definition of devices and modules, use rational redesign and directed evolution for system optimization, and focus on accomplishing tasks using cell populations rather than individual cells. The discussion brings to light issues at the heart of designing complex living systems and provides a trajectory for future development.

Lien vers l'article complet

October 02, 2007, at 01:31 PM by SB -
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Un texte introductif de Joel de Rosnay datant de 2004, encore d'actualité en raison de l'explication des liens entre biologie synthétique (biologie de synthése dans ses termes) et la biologie systémique. Publié dans la revue en ligne Transversales.

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Un texte introductif de Joel de Rosnay datant de 2004, encore d'actualité en raison de l'explication des liens entre biologie synthétique (biologie de synthése dans ses termes) et la biologie systémique. Publié dans la revue en ligne Transversales, une publication du "groupe de recherche inter et transdisciplinaire".

October 02, 2007, at 01:29 PM by SB -
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October 02, 2007, at 01:28 PM by SB -
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Un pas vers la «vie synthétique»

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Un pas vers la «vie synthétique»

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Biologie de synthèse : enjeux et défis pour l’humanité

Attach:transversale.jpg Δ

Un texte introductif de Joel de Rosnay datant de 2004, encore d'actualité en raison de l'explication des liens entre biologie synthétique (biologie de synthése dans ses termes) et la biologie systémique. Publié dans la revue en ligne Transversales.

Lien vers l'article en ligne sur Transversales

October 02, 2007, at 01:20 PM by SB -
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Adventures in Synthetic Biology

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Synthetic Biology Facts Sheet

(en anglais)

En deux pages résumé de la biologie synthétique moderne par l’académie Suisse de la Science. Synthèse efficace de niveau vulgarisation. Plus de la moitié du texte consacrée qux questions sécurité, éthique et juridique. Attach:FactSheet_def_f.pdf Δ

Adventures in Synthetic Biology

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October 02, 2007, at 10:56 AM by SB -
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Lien pour télécharger la BD en pdf dans son intégralité et un récit de sa génèse.

October 02, 2007, at 10:50 AM by SB -
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October 02, 2007, at 10:49 AM by SB -
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lien vers l'article en ligne

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Lien vers l'article en ligne

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Adventures in Synthetic Biology En novembre 2005 la très prestigieuse revue "Nature" a publié une bande dessinée pour présenter le biologie synthétique ! Adventures in Synthetic Biology dessinée par Chuck Wadey et écrite par Drew Endy et Isodora Deese du groupe de Biologie Synthétique du MIT est une explication grand public de la biologie synthétique et de l'approche particulière BioBricks développée par ces auteurs.

Lien vers la bande dessinée en igne sur le site de Nature

Lien vers l'article de Drew Endy accompagnant la bande dessinée

September 29, 2007, at 11:41 AM by SB -
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(:title Références et Bibliographie:)

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(:title Références et Bibliographie:) Cette rubrique vise à rassembler des articles et documents de présentation et discussion généraux sur la biologie synthétique. Ils seront répartis dans tris rubriques suivant leur niveau d'accessibilité.

  • Articles dans la presse grand public
  • Introduction générales à la biologie synthétique, vulgarisation scientifique
  • Essais sur la biologie synthétique, niveau recherche

Articles dans la presse grand public

Un pas vers la «vie synthétique» Une équipe américaine a réussi à transférer un génome d’une espèce de bactérie à une autre. Par Corinne Bensimon QUOTIDIEN : vendredi 29 juin 2007 Changer une espèce de microbe en une autre espèce. C’est un peu comme mettre un poisson dans un chapeau et sortir un lapin, sauf que la magie n’a rien à voir dans l’affaire : le tour s’est joué, en laboratoire, grâce à une habile substitution de génomes, d’un coup d’un seul. C’est cette manipulation génétique sans précédent que rapporte aujourd’hui la revue américaine Science...

lien vers l'article en ligne


Introduction générales à la biologie synthétique, vulgarisation scientifique

Essais sur la biologie synthétique, niveau recherche

August 02, 2007, at 11:25 PM by SB -
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(:title Références et Bibliographie:)


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