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December 14, 2007, at 12:17 AM by SB -
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November 30, 2007, at 03:39 PM by SB -
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Lien vers le site web français de l'équipe

Lien vers le site web officiel de la compétition de l'équipe (en anglais).

November 30, 2007, at 03:35 PM by SB -
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November 30, 2007, at 03:33 PM by SB -
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La France à l'honneur

Article dans le Nouvel Observateur sur l'équipe parisienne

NOUVELOBS.COM | 30.11.2007 | 09:49

Les membres de l'équipe (de gauche à droite, de haut en bas):Aurélien Rizk, David Puyraimond, David Bikard, Thomas Landrain, Eimad Shotar, Antoine Spicher, Gilles Vieira, Nicolas Chiaruttini, David Guegan.

Les membres de l'équipe (de gauche à droite, de haut en bas):Aurélien Rizk, David Puyraimond, David Bikard, Thomas Landrain, Eimad Shotar, Antoine Spicher, Gilles Vieira, Nicolas Chiaruttini, David Guegan. (DR) De jeunes étudiants parisiens des universités d'Evry, Orsay, de Paris-5, Paris-6, Paris-7, de l'Ecole Centrale de Paris, de l'Ecole Normale Supérieure et du Génopôle universités ont reçu le premier prix dans la catégorie "recherche fondamentale" au quatrième concours IGEM -International Genetically Engineered Machinery- organisé au MIT. Derrière ce nom anglais se cache une discipline émergente en science du Vivant : la biologie synthétique. Celle-ci vise à appliquer les méthodes de l'ingénierie à la biologie pour reprogrammer des organismes, par exemple, ou en créer de nouveaux, et leur faire exécuter des fonctions souvent inhabituelles (cf le dossier du n°709 de Sciences et Avenir, mars 2006). Des cultures cellulaires peuvent alors clignoter, changer de couleur, battre la mesure, exprimer des protéines d'intérêt thérapeutique...

Lien vers l'article complet


November 28, 2007, at 04:40 PM by SB -
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2007-11-27 15:39 :: Seconde entrée pour test

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2007-11-27 15:27 :: Mise en place du flux rss

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November 28, 2007, at 04:31 PM by SB -
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November 20, 2007, at 09:30 PM by SB -
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Nouveau procédé d'amplification d'ADN sans enzymes pour la programmation de circuits biochimiques.

Article de recherche par David Yu Zhang, Andrew J. Turberfield, Bernard Yurke, Erik Winfree, California Institute of Technology.

Une nouvelle approche pour le design de circuits biochimiques à base d'ADN. Le système repose sur une amplification de séquences d'ADN sans l'intervention d'enzymes : des oligonucléotides (petites séquences d'ADN) entrée sont capables de catalyser la production d'autres oligonucléotides en sortie, pouvant elles-mêmes catalyser d'autres réactions. Dans chaque réaction un ADn catalysateur se lie à un brin complémentaire d'ADN et déplace les deux autres brins. Comme cette action augmente le désordre général (augmentation de l'entropie), la réaction est thermodynamiquement favorable et ne nécessite aucune enzyme pour avoir lieu.Plusieurs circuits ont été implémenté qui mettent en oeuvre cette méthode.

L'intérêt de cette invention est qu'il s'agit d'un système biomoléculaire basé sur l'ADN mais entièrement artificiel et a priori fortement programmable (n'importe quelle séquence peut-être amplifiée de la sorte). Ce système pourrait être une alternative sans enzymes à la PCR (Polymerase Chain réaction) qui a révolutionné la biologie moléculaire permettant déjà l'amplificiation de toute séquence d'ADN !

Publié dans Science du 16 November 2007 (Vol. 318. no. 5853, pp. 1121 - 1125)

Lien vers un article de vulgarisation sur le système, dans The Scientist (anglais).

Lien vers l'article de recherche dans la revue Science (accès payant à l'article)


November 15, 2007, at 12:19 PM by SB -
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 Systems biology is an emerging field with different possible approaches in different contexts. Intrinsic to systems biology is, however, its interdisciplinary nature and the common aim of achieving the quantitative understanding of dynamic biological processes through the use of mathematical and statistical analyses to integrate biological data in order to develop predictive models of biological behaviour….. Link to the paper and the feedback tool

Lien vers l'article

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Lien vers l'article (texte en anglais)

November 15, 2007, at 12:18 PM by SB -
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Article d'orientation “Systems Biology in the European Research Area”.

Publié par le réseau européen ERASysBio pour la convergence des sciences de la vie avec les technologies de l'information et la science des systèmes.

La biologie systémique est un domaine en développement depuis une décennie, issue des grands programmes de génomique et des avançées de la biologie à grande échelle. L'accumulation d'énormes quantités de données de biologie moléculaire, rendue possible par l'application en biologie de techniques venant de la micro-électronique, la robotique et l'informatique a ouvert des perspectives totalement inédites du vivant. La biologie systémique vise à donner un sens à l'ensemble des informations génétiques et moléculaires recueillies pour comprendre comment toutes les parties d'un organisme vivant qui sont reliées les unes avec les autres dans des réseaux complexes d'interactions aboutissent aux comportements coordonnés, sophistiqués du vivant.

Cet article retrace comment la biologie systémique est intrinsèquement interdisciplinaire, et la présence des mathématiques et des statistiques pour intégrer les données biologiques dans des modèles prédictifs des comportements biologiques.

Et la biologie syntétique ?

La biologie systémique cherche à comprendre l'organisation et la dynamique des systèmes biologiques. On peut concevoir la biologie synthétique comme la mise en application des connnaissances et méthodes de la biologie systémique pour construire de nouveaux systèmes, en s'inspirant du motto de Richard Feynmann "Je ne comprends vraiment que ce que je suis capable de recréer.

 Systems biology is an emerging field with different possible approaches in different contexts. Intrinsic to systems biology is, however, its interdisciplinary nature and the common aim of achieving the quantitative understanding of dynamic biological processes through the use of mathematical and statistical analyses to integrate biological data in order to develop predictive models of biological behaviour….. Link to the paper and the feedback tool

Lien vers l'article


November 04, 2007, at 11:41 PM by SB -
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Grand succès de l'équipe française à iGEM

Pour sa première participation l'équipe francilienne a gagné une médaille d'or pour ses contributions au registry des Biobricks, le premier prix de iGEM dans la section technologies fondamentales, et a été qualifiée dans la finale du grand prix !

L'équipe gagnante du grand prix a été celle Pekin.


November 04, 2007, at 11:41 PM by SB -
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November 04, 2007, at 11:41 PM by SB -
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Première équipe française au concours international iGEM de Biologie Synthétique au MIT

Le rassemblement final du concours étudiant de biologie synthétique iGEM aura lieu du 3 au 4 novembre 2007 au MIT, avec pour la première fois la participation d'une équipe française.

L'international Gene Engineered Machines competition (iGEM) organisée par le MIT (Massachusetts Institut of Technology) réunit depuis 2004 des équipes d'étudiants venant d'universités du monde entier pour inventer des systèmes biologiques synthétiques (http://parts.mit.edu/igem07/index.php/Main_Page). Ce premier week-end de novembre les équipes de tous les pays se réunissent au MIT pour le Jamboree iGEM et confronter leurs projets préparés durant l'été. La compétition iGEM a donné lieu ces dernières années a des publications dans les plus grandes revues scientifiques mondiales (Nature, Science...).

L'édition 2007 du Jamboree sera la plus grande à ce jour. 57 équipes y présenteront devant un jury prestigieux des projets très variés dont le point commun est la reprogrammation d’organismes vivants: des bactéries comme substitut sanguin, un organisme multicellulaire à partir de bactéries, des levures pour mesurer la qualité de l'huile d'olive, comment donner de la mémoire à des bactéries, des détecteurs bactériens pour la contamination en cuivre et mercure, un dispositif pour détecter les infections urinaire, une nouvelle approche contre le virus du sida, des piles à bactéries, ainsi que beaucoup d'autres inventions.

Portée par les étudiants eux-mêmes, cette année voit la première participation d'une équipe française constituée de 11 étudiants de niveaux L3 à M2 de différents établissements universitaires d'Ile de France et venant de cursus en physique, informatique, médecine et biologie, conformément à la démarche interdisciplinaire de la biologie synthétique. Le projet français a consisté dans la préparation du premier organisme synthétique multicellulaire bactérien, un nouvel outil pour l'ingénierie de systèmes biologiques complexes (http://parts.mit.edu/igem07/index.php/Paris) et la compréhension du mutualisme biologique. Dans ce but l'équipe a combiné à la fois des approches théoriques et expérimentales. Les étudiants français se sont retrouvés pour leur projet depuis le mois de mai et durant tout l'été au Centre de Recherches Interdisciplinaire (Université Paris Descartes) en dehors de leurs cursus universitaire et sans soutien direct de leurs établissements (à la différence de ce qui se pratique habituellement dans d'autres pays participants). Cette participation démontre le formidable potentiel attractif de iGEM pour l'apprentissage des sciences et technologies, de la recherche et du travail collectif. La participation de l'équipe française a été possible grâce au soutien financier généreux de la Fondation Bettencourt-Schueller, de Soffinova Partners, de l'ambassade de France à Washington, et du projet européen Synbiocomm.

Parvenir à la compétition finale à l'MIT a déjà été une réussite significative. Les gagnants de iGEM 2007 seront annoncés Dimanche 4 Novembre et donneront lieu à un communiqué ultérieur.

October 10, 2007, at 10:46 PM by SB -
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Pratiquement toutes les présentations de cette conférences sont . Pas mal, mais il faut avoir la patience de toutes les écouter, sauf si on sait laquelle écouter tout particulièrement. Voir ici pour une synthèse, subjective, des interventions les plus marquantes. De quoi aider à faire un choix.

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Pratiquement toutes les présentations de cette conférences sont accessibles en ligne. Pas mal, mais il faut avoir la patience de toutes les écouter, sauf si on sait laquelle écouter tout particulièrement. Voir ici pour une synthèse, subjective, des interventions les plus marquantes. De quoi aider à faire un choix.

October 10, 2007, at 10:26 PM by SB -
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Une Synthèse de la conférence Synthetic Biology 3.0

Pratiquement toutes les présentations de cette conférences sont . Pas mal, mais il faut avoir la patience de toutes les écouter, sauf si on sait laquelle écouter tout particulièrement. Voir ici pour une synthèse, subjective, des interventions les plus marquantes. De quoi aider à faire un choix.


October 10, 2007, at 10:19 PM by admin -
October 10, 2007, at 05:10 PM by admin -
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October 10, 2007, at 05:09 PM by admin -
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October 10, 2007, at 05:09 PM by admin -
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October 10, 2007, at 05:08 PM by admin -
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October 07, 2007, at 11:09 PM by SB -
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La suite de l'article dans The Guardian

Le lendemain le qutidien La Répubblica a repris la nouvelle. Avec commentaire de l'Eglise catholique à la clé (qui minimise la portée éthique de l'expérience).

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  • La suite de l'article dans The Guardian
  • La Répubblica (quotidien italien) a repris la nouvelle. Avec commentaire de l'Eglise catholique à la clé (qui minimise la portée éthique de l'expérience).
  • Un commentaire avec des précisions du porte parole de Craig Venter sur le site iTWire
October 07, 2007, at 11:04 PM by SB -
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http://www.guardian.co.uk/science/2007/oct/06/genetics.climatechangeLa suite de l'article dans The Guardian

Le lendemain le qutidien La Répubblica a http://www.repubblica.it/2007/10/sezioni/scienza_e_tecnologia/cromosoma-sintesi/cromosoma-sintesi/cromosoma-sintesi.htmlrepris la nouvelle. Avec commentaire de l'Eglise catholique à la clé (qui minimise la portée éthique de l'expérience).

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La suite de l'article dans The Guardian

Le lendemain le qutidien La Répubblica a repris la nouvelle. Avec commentaire de l'Eglise catholique à la clé (qui minimise la portée éthique de l'expérience).

October 07, 2007, at 11:00 PM by SB -
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I am creating artificial life, declares US gene pioneer

Par Ed Pilkington in New York, The Guardian, Saturday October 6 2007

Dans cet article on trouve Craig Venter déclare que très prochainement il annoncera la construction d'un chromosome synthétique entier à partir de produits chimiques et des informations génétiques dans les bases de données d'ADN. Ce développement est bien sûr présenté avec renforts de publicités comme permettant de résoudre tous les problèmes énergétiques et le réchauffement du climat...

''Craig Venter, the controversial DNA researcher involved in the race to decipher the human genetic code, has built a synthetic chromosome out of laboratory chemicals and is poised to announce the creation of the first new artificial life form on Earth.

The announcement, which is expected within weeks and could come as early as Monday at the annual meeting of his scientific institute in San Diego, California, will herald a giant leap forward in the development of designer genomes. It is certain to provoke heated debate about the ethics of creating new species and could unlock the door to new energy sources and techniques to combat global warming.''

http://www.guardian.co.uk/science/2007/oct/06/genetics.climatechangeLa suite de l'article dans The Guardian

Le lendemain le qutidien La Répubblica a http://www.repubblica.it/2007/10/sezioni/scienza_e_tecnologia/cromosoma-sintesi/cromosoma-sintesi/cromosoma-sintesi.htmlrepris la nouvelle. Avec commentaire de l'Eglise catholique à la clé (qui minimise la portée éthique de l'expérience).


October 07, 2007, at 10:49 PM by SB -
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Un groupe de 17 scientifiques réunis par la http://kavlifoundation.org/fondation Kavli de soutien aux nanosciences en juin 2007 a publié un appel très en faveur de la biologie synthétique. L'initiative d'un tel texte et son contenu démontre surtout le fort intérêt des milieux de la nanotechnologie pour les développements dans le champ biologique. C'est une illustration de la notion de technologie convergente pour la biologie synthétique, qui l'est encore plus que les nanotechnologies au sens strict. Le symposium après lequel cette déclaration a été publiée s'intitulait: T‘The merging of bio and nano: towards cyborg cells’, à Ilulissat (Groenland).

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Un groupe de 17 scientifiques réunis par la http://kavlifoundation.org/fondation Kavli de soutien aux nanosciences en juin 2007 a publié un appel très en faveur de la biologie synthétique. L'initiative d'un tel texte et son contenu démontre surtout le fort intérêt des milieux de la nanotechnologie pour les développements dans le champ biologique. C'est une illustration de la notion de technologie convergente pour la biologie synthétique, qui l'est encore plus que les nanotechnologies au sens strict. Le symposium après lequel cette déclaration a été publiée s'intitulait: 'The merging of bio and nano: towards cyborg cells'.

October 07, 2007, at 10:48 PM by SB -
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Un groupe de 17 scientifiques réunis par la http://kavlifoundation.org/fondation Kavli de soutien aux nanosciences en juin 2007 a publié un appel très en faveur de la biologie synthétique. L'initiative d'un tel texte et son contenu démontre surtout le fort intérêt des milieux de la nanotechnologie pour les développements dans le champ biologique. C'est une illustration de la notion de technologie convergente pour la biologie synthétique, qui l'est encore plus que les nanotechnologies au sens strict.

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Un groupe de 17 scientifiques réunis par la http://kavlifoundation.org/fondation Kavli de soutien aux nanosciences en juin 2007 a publié un appel très en faveur de la biologie synthétique. L'initiative d'un tel texte et son contenu démontre surtout le fort intérêt des milieux de la nanotechnologie pour les développements dans le champ biologique. C'est une illustration de la notion de technologie convergente pour la biologie synthétique, qui l'est encore plus que les nanotechnologies au sens strict. Le symposium après lequel cette déclaration a été publiée s'intitulait: T‘The merging of bio and nano: towards cyborg cells’, à Ilulissat (Groenland).

October 07, 2007, at 10:46 PM by SB -
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Appel d'un groupe de scientifiques pour le développement de la biologie synthétique

Un groupe de 17 scientifiques réunis par la http://kavlifoundation.org/fondation Kavli de soutien aux nanosciences en juin 2007 a publié un appel très en faveur de la biologie synthétique. L'initiative d'un tel texte et son contenu démontre surtout le fort intérêt des milieux de la nanotechnologie pour les développements dans le champ biologique. C'est une illustration de la notion de technologie convergente pour la biologie synthétique, qui l'est encore plus que les nanotechnologies au sens strict.

  • texte de l'appel publié
  • Communiqué de presse de la fondation Kavli

Forecasting a Revolution in Science, the Ilulissat Statement Concludes an International Meeting of Renowned Researchers at the Inaugural Kavli Futures Symposium


October 02, 2007, at 01:58 PM by SB -
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Une bactérie change d'espèce par transplantation de génome

Une annonce de presse de AP(Washington) du 29 juin 2006 suite à l'annonce à la conférence Synthetic Biology 3,0 à Zürich par par le prix Nobel Hamilton Smith, qui travaille avec Craig Venter, de la substitution du chromosome d'une bactérie par un autre d'une autre espèce. (Cette annonce a été reprise telle quelle par de nombreux média français, Le Monde, Le Nouvel Observateur, et des sites web d'actualités technologiques, l'équipe de Craig Venter fait bien sa promotion...)

Une étape importante vient d'être franchie dans le domaine des manipulations génétiques: des scientifiques américains dont les travaux sont publiés dans la revue américaine "Science" annoncent avoir réussi à transformer une espèce de bactérie en une autre par "transplantation de génome" complet.t d'autres spécialistes. Ni si cela signifie forcément qu'un chromosome artificiel puisse à lui seul activer une cellule vivante...

Lien vers la suite de l'article


October 02, 2007, at 01:46 PM by SB -
Added lines 87-98:

Construction d'un virus détruisant les biofilms bactériens

Une application concrête de Bio Synthétique: la construction d'un phage synthétique (un virus qui n'attaque que des bactéries) qui détruit les dépôts de protéines secrétés par des colonies de bactéries. Ces couches de dépôt, appelées biofilms, isolent les bactéries de tratiements avec des antibiotiques? L'existence de ces films représente un problème de santé public car ils empêchent la bonne stérilisation du matériel médical. Le phage développé par l'équipe de JJ Collins au MIT à Boston a réussi à éliminer plus de 99,99% des bactéries d'un biofilm, soit deux ordres de grandeurs de mieux qu'un phage naturel.

Liens

  • Une présentation de vulgarisation en anglais
  • L'article de recherche original dans la revue PNAS
September 20, 2007, at 11:14 AM by SB -
Added lines 6-24:

Création d'une mémoire cellulaire dans un eukaryote

Rational design of memory in eukaryotic cells, Caroline M. Ajo-Franklin et al. GENES & DEVELOPMENT 21:2271-2276, 2007

Ce nouvel article de recherche du groupe de Pamela Silver à l'MIT fait la démonstration comment une mémoire cellulaire peut-être implémentée dans une cellule eukaryote. Le principe n'a rien de particulier, le sysème repose sur le comportement bien connu d'une boucle de régulation positive qui peut posséder deux états stable, actif ou inactif. La nouveauté réside dans la réalisation qui a été faite de ce type de circuit. Le dispositif présenté est facilement inductible, robuste et fidèle (l'état d'activation est hérité de façon stable sur de nombreuses générations de cellules).

Une telle mémoire pourrait-être utilisée dans des applications de recherche pour identifier des cellules soumises à des conditions particulière et déterminer si ces conditions sont corrélées à des comportements ultérieurs. Le module mémoire pourait-aussi être intégré dans des circuits plus grands qui amèneraitent la cellule à se différencier d'une certaine façon après des événements particuliiers.

Présentation de l'article sur TheScientist.com(anglais)

Lien vers l'article de recherche


September 17, 2007, at 11:29 AM by SB -
Changed lines 12-13 from:

Comme pour les précédentes éditions, des reprises vidéos des principales présentations sont en ligne, ainsi que les proceedings, sur le site de la conférence.

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Comme pour les précédentes éditions, des reprises vidéos des présentations sont en ligne, ainsi que les proceedings, sur le site de la conférence.

September 17, 2007, at 11:29 AM by SB -
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September 17, 2007, at 11:20 AM by SB -
Added lines 6-14:

Videos et proceedings de la conférence Synthetic Biology 3.0

Cette édition de la première et principale série de conférences sur la biologie synthétiquue a eu lieu pour la première fois à Zürich en juin dernier. Elle a manifesté la montée en puissance de cette discipline en réunissant plus de trois cent chercheurs du monde entier. Devant l'affluence des demandes les organisateurs on du sélectionner les participants en privilégiant ceux qui présentaient au moins un poster.

Comme pour les précédentes éditions, des reprises vidéos des principales présentations sont en ligne, ainsi que les proceedings, sur le site de la conférence.

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September 08, 2007, at 11:48 AM by SB -
Changed lines 29-32 from:

A Tunable Genetic Switch Based on RNAi and Repressor Proteins for Regulating Gene Expression in Mammalian Cells

Par Tara L. Deans, Charles R. Cantor, and James J. Collins

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A Tunable Genetic Switch Based on RNAi and Repressor Proteins for Regulating Gene Expression in Mammalian Cells, par Tara L. Deans, Charles R. Cantor, and James J. Collins

September 08, 2007, at 11:47 AM by SB -
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  • [[http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSN-4P8SBC7-R&_user=10&_coverDate=07%2F27%2F2007&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=44c083a9197185cceb414e1fb9aa97d6 |

Article de recherche dans la revue Cell]]

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  • Article de recherche dans la revue Cell
September 08, 2007, at 11:46 AM by SB -
Added lines 25-60:

Un nouvel interrupteur génétique

A Tunable Genetic Switch Based on RNAi and Repressor Proteins for Regulating Gene Expression in Mammalian Cells

Par Tara L. Deans, Charles R. Cantor, and James J. Collins

Publication dans la revue Cell du 27 juillet 2007

Les auteurs ont mis en oeuvre une approche de biologie synthétique pour créer un des composants d'un circuit génétique permettant d'allumer ou d'éteindre efficacement l'expression de certains gènes mis sous son contrôle. L'originalité est d'avoir combiné plusieurs systèmes de contrôle ensemble: l'interférence d'ARN, des protéines de répression et des réactions biochimiques avec des petites molécules. Ce système fonctionne dans des cellules mamifères.

Liens

  • Article de vulgarisation (en anglais)
  • [[http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6WSN-4P8SBC7-R&_user=10&_coverDate=07%2F27%2F2007&_rdoc=1&_fmt=&_orig=search&_sort=d&view=c&_acct=C000050221&_version=1&_urlVersion=0&_userid=10&md5=44c083a9197185cceb414e1fb9aa97d6 |

Article de recherche dans la revue Cell]]

Le groupe de James J. Collins de l'Université de Boston a très tôt été impliqué dans le courant actuel de biologie synthétique. Physicien de formation, J.J. Collins s'est d'abord intéressé à la modélisation de la dynamique de réseaux génétiques en appliquant des approches issues de la théorie systèmes dynamiques, avec en particulier la prise en compte du bruit dans des circuits. Ce groupe a rédigé des revues scientifiques de haut niveau très claires à propos de la modélisation de réseaux génétiques en vue d'applications à la bilogie synthétique.

Liens

  • Site web de James J. Collins
September 08, 2007, at 11:07 AM by SB -
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August 31, 2007, at 02:35 PM by SB -
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Cette rubrique vise à faire un suivi de l'actualité sur la biologie synthétique.

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Cette rubrique vise à faire un suivi de l'actualité sur la biologie synthétique.

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Advances in Synthetic Biology

Une nouvelle conférence annoncée sur la biologie synthétique

Welcome to the inaugural Advances in Synthetic Biology conference and exhibition. Synthetic biology is the design and construction of new biological parts, devices and systems, and the re-design of existing, natural biological systems for useful purposes. Its interdisciplinary nature between science and engineering, as well as the many potential applications in the health, material and energy sectors, make this a particularly exciting conference.

Agenda Topics:

  • Design & Fabrication of Parts, Devices and Systems
  • The Chemistry of Synthetic Biology
  • Protein, Metabolic & Therapeutic Engineering
  • Cell & Tissue Engineering
  • Regulatory, IP, Ethical & Business Issues

Semble être une initiative privée de la société de conseil et communication Select Biosciences. Pas d'informations scientifiques disponibles. ---

August 03, 2007, at 11:47 PM by SB -
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(:title Blog d'actualités:)

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(:title Blog d'actualités:)

Cette rubrique vise à faire un suivi de l'actualité sur la biologie synthétique.

August 02, 2007, at 11:26 PM by SB -
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(:title Blog d'actualités:)


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