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May 14, 2008, at 04:29 PM by SB -
May 14, 2008, at 04:29 PM by SB -
Changed lines 103-104 from:
  • La synthèse d'un chromosome artificiel entier
  • Une méthode récursive de construction
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May 14, 2008, at 04:23 PM by SB -
Added lines 93-104:

Ressources et Techniques pour la biologie synthétique

Synthèse d'ADN

La synthèse d'ADN est une des techniques majeures pour des applications futures de la biologie synthétique. La possibilité de synthétiser des molécules très longues d'ADN avec la séquence que l'on veut va considérablement faciliter la biologie moléculaire (plus besoin de fastidieuses étapes de clonage et de transformation) et ouvrir la voie à des constructions génétiques à grande échelle. Une des conséquences secondaire de la démocratisation de la synthèse d'ADN et de l'augmentation de ses performances (en termes de longueurs de chaînes d'ADN synthétiisées) sera aussi de rendre caducs des schémas d'assemblages standardisés comme ceux des Biobricks : ce qui deviendra crucial dans le design de circuits artificiel sera l'information et non pas la méthode de fabrication.

Plusieurs avancées majeures très récemment en synthèse d'ADN:

  • La synthèse d'un chromosome artificiel entier
  • Une méthode récursive de construction
March 22, 2008, at 12:04 AM by SB -
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Recherche a niveau Européen

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Recherche à niveau Européen

March 21, 2008, at 01:03 PM by SB -
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Deleted lines 44-57:

<<<<<<< La biologie synthétique permet d'explorer de nouvelles formes de programmation. L'informatique fondamentale est la science du traitement de l'information et du calcul. Elle s'intéresse donc naturellement à la façon dont une cellule naturelle traite les informations du génome et les signaux de l'environnement. Une question centrale est de définir à quel point les processus génétiques suivent des principes de calcul différents que ceux qui ont été implémentés dans les ordinateurs actuels. D'autres façon de traiter l'information et de calculer sont connues, par exemple via des automates cellulairesfondés sur des composants très simples agissant en parallèle et exploitant des propriétés d'émergence. Comment calcule un ensemble de gènes intéragissant les uns avec les autres? Comment calcule une population de cellules dans une culture avec des échanges inter-cellulaires?

Ce n'est donc pas par hasard qu'un des principaux promoteurs de la biologie synthétique est T. Knight qui est un informaticien théoricien ayant développé le concept de calcul alternatif du calcul amorphe.

>>>>>>> La biologie synthétique permet d'explorer de nouvelles formes de programmation. L'informatique fondamentale est la science du traitement de l'information et du calcul. Elle s'intéresse donc naturellement à la façon dont une cellule naturelle traite les informations du génome et les signaux de l'environnement. Une question centrale est de définir à quel point les processus génétiques suivent des principes de calcul différents que ceux qui ont été implémentés dans les ordinateurs actuels. D'autres façon de traiter l'information et de calculer sont connues, par exemple via des automates cellulairesfondés sur des composants très simples agissant en parallèle et exploitant des propriétés d'émergence.

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March 21, 2008, at 01:00 PM by SB -
March 21, 2008, at 01:00 PM by SB -
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Ce n'est donc pas par hasard qu'un des principaux promoteurs de la biologie synthétique est T. Knight qui est un informaticien théoricien ayant développé le concept de calcul alternatif du calcul amorphe.

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Ce n'est donc pas par hasard qu'un des principaux promoteurs de la biologie synthétique est T. Knight qui est un informaticien théoricien ayant développé le concept de calcul alternatif du calcul amorphe. La biologie syntéhtique peut-être vue comme une mise en oeuvre matérielle du programme du calcul amorphe.

Added lines 47-55:

<<<<<<< La biologie synthétique permet d'explorer de nouvelles formes de programmation. L'informatique fondamentale est la science du traitement de l'information et du calcul. Elle s'intéresse donc naturellement à la façon dont une cellule naturelle traite les informations du génome et les signaux de l'environnement. Une question centrale est de définir à quel point les processus génétiques suivent des principes de calcul différents que ceux qui ont été implémentés dans les ordinateurs actuels. D'autres façon de traiter l'information et de calculer sont connues, par exemple via des automates cellulairesfondés sur des composants très simples agissant en parallèle et exploitant des propriétés d'émergence. Comment calcule un ensemble de gènes intéragissant les uns avec les autres? Comment calcule une population de cellules dans une culture avec des échanges inter-cellulaires?

Ce n'est donc pas par hasard qu'un des principaux promoteurs de la biologie synthétique est T. Knight qui est un informaticien théoricien ayant développé le concept de calcul alternatif du calcul amorphe.

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March 21, 2008, at 12:58 PM by SB -
March 21, 2008, at 12:58 PM by SB -
Added lines 39-45:

<<<<<<< La biologie synthétique permet d'explorer de nouvelles formes de programmation. L'informatique fondamentale est la science du traitement de l'information et du calcul. Elle s'intéresse donc naturellement à la façon dont une cellule naturelle traite les informations du génome et les signaux de l'environnement. Une question centrale est de définir à quel point les processus génétiques suivent des principes de calcul différents que ceux qui ont été implémentés dans les ordinateurs actuels. D'autres façon de traiter l'information et de calculer sont connues, par exemple via des automates cellulairesfondés sur des composants très simples agissant en parallèle et exploitant des propriétés d'émergence. Comment calcule un ensemble de gènes intéragissant les uns avec les autres? Comment calcule une population de cellules dans une culture avec des échanges inter-cellulaires?

Ce n'est donc pas par hasard qu'un des principaux promoteurs de la biologie synthétique est T. Knight qui est un informaticien théoricien ayant développé le concept de calcul alternatif du calcul amorphe.

Added line 49:

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March 21, 2008, at 12:46 PM by SB -
March 21, 2008, at 12:46 PM by SB -
Added lines 39-41:

La biologie synthétique permet d'explorer de nouvelles formes de programmation. L'informatique fondamentale est la science du traitement de l'information et du calcul. Elle s'intéresse donc naturellement à la façon dont une cellule naturelle traite les informations du génome et les signaux de l'environnement. Une question centrale est de définir à quel point les processus génétiques suivent des principes de calcul différents que ceux qui ont été implémentés dans les ordinateurs actuels. D'autres façon de traiter l'information et de calculer sont connues, par exemple via des automates cellulairesfondés sur des composants très simples agissant en parallèle et exploitant des propriétés d'émergence.

December 14, 2007, at 03:11 PM by SB -
Changed lines 41-42 from:

Comment la biologie synthétique peut conduire à des avancées dans la compréhension de la biologie à un niveau fondamental.

to:

Dans le paradigme de la biologie synthétique, une cellule reprogrammée serait composée de nombreux sous-systèmes fonctionnels agencés entre eux en fonction des différentes étapes du programme. Le bon fonctionnement individuel et collectif des composant serait le résultat d'une caractérisation approfondie du comportement de chaque élément et d'un design de conception guidé par la compréhension fondamentale des systèmes. La construction des systèmes serait alors le fruit d'itérations successives entre modélisation informatique, réalisation biologique in vivo et tests expérimentaux. Dans ce sens la plupart des connaissances et méthodes de la biologie systémique sont à la base de la démarche de la biologie synthétique. Pour concevoir un système artificiel opérationnel il est en effet utile de comprendre comment un système natuel foncctionne dans sa globalité. Paraphrasant une célèbre phrase de Richard Feynmann, "On ne comprend vraiment que ce que l'on sait repproduire", la relation entre biologie systémique et biologie synthétique est réciproque. Tout ce que l'on apprend en essayant de construire un disposistif qui marche sert directement à mieux comprendre les systèmes naturels.

D'un point de vue de la biologie fondamentale, la biologie synthétique est donc une approche nouvelle pour tester des hypothèses et des concepts. La synthèse vient en complément à l'observation et l'analyse.

October 10, 2007, at 12:43 AM by admin -
Added line 1:
    (:toc:)
October 08, 2007, at 05:37 PM by SB -
Changed lines 34-38 from:

Informatique

Sciences Fondamentales

Recherche a niveau Européen

to:

Informatique

La biologie synthétique en tant que système de calcul. Exploration de nouvelles formes de calcul via le biologique.

Sciences Fondamentales

Comment la biologie synthétique peut conduire à des avancées dans la compréhension de la biologie à un niveau fondamental.

Recherche a niveau Européen

Changed lines 45-46 from:

SYNBIOSAFE (link)

to:
  • SYNBIOSAFE (link)
Changed lines 48-79 from:

EMERGENCE
SYNBIOLOGY (link)
TESSY (link)
BIOMODULAR H2 (link)
BioNano-Switch (link)
CELLCOMPUT\\

COBIOS
EUROBIOSYN (link)
FuSyMEM (link)
HYBLIB
NANOMOT
NEONUCLEI (link)
NETSENSOR (link)
ORTHOSOME
PROBACTYS
SynBioComm (link)
SYNTHCELLS (link)\\

to:
  • EMERGENCE
  • SYNBIOLOGY (link)
  • TESSY (link)
  • BIOMODULAR H2 (link)
  • BioNano-Switch (link)
  • CELLCOMPUT
  • COBIOS
  • EUROBIOSYN (link)
  • FuSyMEM (link)
  • HYBLIB
  • NANOMOT
  • NEONUCLEI (link)
  • NETSENSOR (link)
  • ORTHOSOME
  • PROBACTYS
  • SynBioComm (link)
  • SYNTHCELLS (link)
September 13, 2007, at 10:58 PM by 82.224.192.135 -
Added lines 38-75:

Recherche a niveau Européen

La Comunaute Européene finance les projets suivants avec le programme NEST-PATHFINDER 2003-2006:

SYNBIOSAFE (link)

SYNBIOSAFE is a scientific project supported fully by the European Commission´s 6th framework programme. It is the first European project to research the safety and ethical aspects of synthetic biology, and aims to proactively stimulate a debate on these issues.

EMERGENCE
SYNBIOLOGY (link)
TESSY (link)
BIOMODULAR H2 (link)
BioNano-Switch (link)
CELLCOMPUT\\

COBIOS
EUROBIOSYN (link)
FuSyMEM (link)
HYBLIB
NANOMOT
NEONUCLEI (link)
NETSENSOR (link)
ORTHOSOME
PROBACTYS
SynBioComm (link)
SYNTHCELLS (link)\\

September 08, 2007, at 01:30 PM by SB -
Changed lines 30-31 from:

Les bactéries régissent à de très nombreuses conditions du milieu dans lequelles elles se trouvent pour adapter leur cycle de vie. Ces capacité à "sentir" le milieux chimique dans lequel elles baignent font des bactéries un substrat idéal pour développer des systèmes d'analyse très fins de l'environnement. En modifiant les voies métaboliques et les circuits génétiques qui s'activent en présence de telle ou telle molécule chimique extracellulaire, on peut conduire la bactérie à émettre un signal visible en fonction des concentrations externes.

to:

Les bactéries régissent à de très nombreuses conditions du milieu dans lequelles elles se trouvent pour adapter leur cycle de vie. Ces capacité à "sentir" le milieux chimique dans lequel elles baignent font des bactéries un substrat idéal pour développer des systèmes d'analyse très fins de l'environnement. En modifiant les voies métaboliques et les circuits génétiques qui s'activent en présence de telle ou telle molécule chimique extracellulaire, on peut conduire la bactérie à émettre un signal visible en fonction des concentrations externes. Un biosenseur peut-être construit en liant un domaine extracelluaire d'une protéine de la membrane cellulaire à un domaine de protéine interne lié à une voie de transduction de signal cellulaire.

L'essentiel des projets aux compétitions iGEM des dernières années on été de ce type : choisir et adapter un capteur membranaire sensible à une molécule chimique de l'environnement, le coupler à une voie de signalisation intra-cellulaire conduisant à l'actiation d'un facteur de transcription permettant d'exprimer un gène rapporteur qui émet un signal visible.

September 08, 2007, at 01:26 PM by SB -
Added lines 28-31:

Senseurs d'environnement

Les bactéries régissent à de très nombreuses conditions du milieu dans lequelles elles se trouvent pour adapter leur cycle de vie. Ces capacité à "sentir" le milieux chimique dans lequel elles baignent font des bactéries un substrat idéal pour développer des systèmes d'analyse très fins de l'environnement. En modifiant les voies métaboliques et les circuits génétiques qui s'activent en présence de telle ou telle molécule chimique extracellulaire, on peut conduire la bactérie à émettre un signal visible en fonction des concentrations externes.

September 08, 2007, at 01:13 PM by SB -
Changed lines 6-8 from:

La plupart des exemples d'applications futures pour la biologie synthétique que l'on trouve cités actuellement correspondent aux champs d'applications habituels des biotechnologies traditionnelles. La biologie synthétique intervient dans ces cas comme un renouveau méthodologique permettant soit une plus grande efficacité ou des applications dans des situations trop complexes jusqu'à présent. Cependant la biologie synthétique ouvre aussi la possiiblité à des applications tout à fait inédites et révolutionnaires.

to:

La plupart des exemples d'applications futures pour la biologie synthétique que l'on trouve cités actuellement correspondent aux champs d'applications habituels des biotechnologies traditionnelles. La biologie synthétique intervient dans ces cas comme un renouveau méthodologique permettant soit une plus grande efficacité ou des applications dans des situations trop complexes jusqu'à présent. Cependant la biologie synthétique ouvre aussi la possiblité à des applications tout à fait inédites et révolutionnaires.

Changed lines 23-24 from:

(développer)

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Added lines 26-27:

Ce champ d'application est aussi bien connu aux biotechnologies traditionnelles. Il s'agit de mettre au point des micro-organismes capables de dégrader de produits polluants dans des composés moins nocifs pour l'environnement. La biologie synthétique serait ici aussi une nouvelle méthodologie pour l'ingénierie de voies métaboliques plus efficaces en fonction des contaminants. La mise en oeuvre de cette technologie impliquerait cependant la dissémination dans le milieu naturel de micro-organismes modifiés et pose le problème du devenir de ceux-ci.

August 31, 2007, at 02:57 PM by SB -
Added lines 6-8:

La plupart des exemples d'applications futures pour la biologie synthétique que l'on trouve cités actuellement correspondent aux champs d'applications habituels des biotechnologies traditionnelles. La biologie synthétique intervient dans ces cas comme un renouveau méthodologique permettant soit une plus grande efficacité ou des applications dans des situations trop complexes jusqu'à présent. Cependant la biologie synthétique ouvre aussi la possiiblité à des applications tout à fait inédites et révolutionnaires.

Changed lines 10-12 from:

Synthèse de médicaments: J. Kaesing et l'artemisinine

De nombreux médicaments dépendent de la synthèse chimique de composants rares, difficiles à isoler à partir de sources naturelles ou de synthèse chimique complexe et très couteuse. C'est le cas en particulier de l'artemisinine qui sert est très efficace contre la malaria. Ce composé chimique est naturellement produit par des plantes mais en très petites quantités. Sa structure chimique complexe rend en outre la synthèse chimique impossible dans des conditions commerciales. Afin de trouver de nouvelles voies de production, le groupe de J. Kaesling de l'Université de Berkley est en train de mettre en place dans des bactéries l'ensemble des pièces d'un circuit génétique qui permettraient de synthétiser l'artemisine in vivo dans des cultures bactérienne. Cette démarche s'apparente à de l'ingénierie métabolique très complexe. Mais soutenu à la hauteur de 42,5 millions de dollars en 2006 par la fondation Bill et Melinda Gates, les travaux de J. Kaesling ont comme approche le développement d'une plateforme de biosynthèse plus générique qui s'adapterait facilement pour la productions de nombreux autres composés chimiques fins.

to:

Santé

Synthèse de médicaments: J. Kaesing et l'artemisinine

De nombreux médicaments dépendent de la synthèse chimique de composants rares, difficiles à isoler à partir de sources naturelles ou de synthèse chimique complexe et très couteuse. C'est le cas en particulier de l'artemisinine qui sert est très efficace contre la malaria. Ce composé chimique est naturellement produit par des plantes mais en très petites quantités. Sa structure chimique complexe rend en outre la synthèse chimique impossible dans des conditions commerciales. Afin de trouver de nouvelles voies de production, le groupe de J. Kaesling de l'Université de Berkley est en train de mettre en place dans des bactéries l'ensemble des pièces d'un circuit génétique qui permettraient de synthétiser l'artemisine in vivo dans des cultures bactérienne. Cette démarche s'apparente à de l'ingénierie métabolique très complexe. Mais soutenu à la hauteur de 42,5 millions de dollars en 2006 par la fondation Bill et Melinda Gates, les travaux de J. Kaesling ont comme approche le développement d'une plateforme de biosynthèse plus générique qui s'adapterait facilement pour la productions de nombreux autres composés chimiques fins.

Environnement

Production de biocarburants

La production de carburants à partir de biomasse est une application courante de la biotechnologie traditionelle. Dans ce domaine la biologie synthétique promet l'amélioration des méthodes existantes; par exemple grace à l'optimisation par ingénierie génétique du rendement de voies de biosynthèse. Mais aussi la synthèse économiquement réalisable de sources d'énergie tel que l'hydrogène, difficiles à produire par des voies traditionnelles.

(développer)

Rémédiation biologique

Informatique

Sciences Fondamentales

August 31, 2007, at 02:12 PM by SB -
Changed line 9 from:

De nombreux médicaments dépendent de la synthèse chimique de composants rares, difficiles à isoler à partir de sources naturelles ou de synthèse chimique complexe et très couteuse. C'est le cas des isoprenoides qui sont des composés chimiques naturels produits par des plantes.

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De nombreux médicaments dépendent de la synthèse chimique de composants rares, difficiles à isoler à partir de sources naturelles ou de synthèse chimique complexe et très couteuse. C'est le cas en particulier de l'artemisinine qui sert est très efficace contre la malaria. Ce composé chimique est naturellement produit par des plantes mais en très petites quantités. Sa structure chimique complexe rend en outre la synthèse chimique impossible dans des conditions commerciales. Afin de trouver de nouvelles voies de production, le groupe de J. Kaesling de l'Université de Berkley est en train de mettre en place dans des bactéries l'ensemble des pièces d'un circuit génétique qui permettraient de synthétiser l'artemisine in vivo dans des cultures bactérienne. Cette démarche s'apparente à de l'ingénierie métabolique très complexe. Mais soutenu à la hauteur de 42,5 millions de dollars en 2006 par la fondation Bill et Melinda Gates, les travaux de J. Kaesling ont comme approche le développement d'une plateforme de biosynthèse plus générique qui s'adapterait facilement pour la productions de nombreux autres composés chimiques fins.

August 31, 2007, at 12:17 PM by SB -
Changed lines 4-9 from:

Quels sont les applications et produits actuels et promis de la biologie synthétique. Quelles attentes peut-on avoir de cette discipline et avec quelles sont les vraisemblances des ses promesses ?

to:

Quels sont les applications et produits actuels et promis de la biologie synthétique. Quelles attentes peut-on avoir de cette discipline et avec quelles sont les vraisemblances des ses promesses ?

Exemples d'applications et projets actuels

Synthèse de médicaments: J. Kaesing et l'artemisinine

De nombreux médicaments dépendent de la synthèse chimique de composants rares, difficiles à isoler à partir de sources naturelles ou de synthèse chimique complexe et très couteuse. C'est le cas des isoprenoides qui sont des composés chimiques naturels produits par des plantes.

August 02, 2007, at 11:22 PM by SB -
Changed lines 1-6 from:

Description des applications et des produits

Quels sont les applications et produits actuels et promis de la biologie synthétique. Quelles attentes peut-on avoir de cette discipline et avec quelles sont les vraisemblances des ses promesses ?

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(:title Description des applications et des produits:)

Quels sont les applications et produits actuels et promis de la biologie synthétique. Quelles attentes peut-on avoir de cette discipline et avec quelles sont les vraisemblances des ses promesses ?

August 02, 2007, at 09:17 AM by SB -
Added lines 1-6:

Description des applications et des produits

Quels sont les applications et produits actuels et promis de la biologie synthétique. Quelles attentes peut-on avoir de cette discipline et avec quelles sont les vraisemblances des ses promesses ?


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